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    APEX3強吸收晶體的吸收校正

    瀏覽次數:1914發布日期:2020-07-31

      衍射數據是晶體內部結構的真實反映。晶體結構的內部堆積的情況,會*反映到衍射圖的質量上。高質量的晶體才能獲得高質量的數據,進而才能得到準確的結構。但是從晶體到數據,有時並不是一帆風順的。D8 VENTURE/QUEST單晶衍射儀能夠幫助香蕉视频APP免费獲得高質量,準確的衍射圖。但是從衍射圖像到衍射數據,需要準確數據還原和校正。hhkl文件雖然隻是一些數字,但是影響衍射點強度數值的因素有很多。

     

      對於化學晶體來說,晶體對香蕉污视频下载的吸收是需要考慮的重要因素。現在高強度的Cu/Ga靶,在小分子晶體學中開始得到越來越廣泛的應用,因而對於很多強吸收的晶體,衍射數據的吸收校正變得更加重要。

     

      很多人都在糾結我是不是需要做吸收校正。實際上,APEX3軟件正常的數據還原中已經包含了吸收校正,香蕉视频APP免费其實需要關心的應該是吸收校正是否恰當。不恰當的吸收校正常見導致的問題是不尋常的Q峰,以及不正常的原子位移因子。很多人經常把這些Q峰簡單地歸結於鬼峰,而並沒有仔細查看數據還原是否恰當。正常的晶體都不會是球形的,因而不同方向的衍射會因路徑不同而引起透過率的不同。如果因路徑不同而引起透過率明顯不同就必須進行吸收校正(absorption correction)(摘自陳小明《單晶結構分析》)。晶體對香蕉污视频下载的吸收取決於μ值(吸收係數)大小和晶體大小以及形狀。對μ值越大,形狀明顯偏離球形的晶體,吸收校正越重要。

     

      APEX3軟件提供了準確的multi-scan半經驗吸收校正以及Faces Index數字校正兩種不同的吸收校正方法。香蕉视频APP免费可根據需要,選擇一個恰當的方法。但是不管是哪種方法,實驗數據的采集都才是決定終數據質量的重要因素。對於強吸收的晶體,需要注意的是:

     

    1.晶體要小。吸收越強,晶體相對就要越小。

     

    2.數據采集的多重度要高,而不是僅僅追求完整度。

     

    Multi-Scan 吸收校正

     

      不同的晶體有不同的μ值。如果μ值明顯偏大,且晶體也偏大,默認的吸收因子參數就無法滿足了。

     

     

     ▲Fig.1Multi-scan

     

      這裏的Mu值可通過軟件計算獲得,也可在結構精修的.lst文件中找到。r是等價的晶體尺寸,單位是mm。實際操作中通常可選擇晶體的平均的尺寸,或體積計算出的等價球半徑尺寸。

     

    Faces index數字吸收校正

     

      數字吸收校正的前提是必須準確的描述出晶體的形狀,包括晶體各個麵的取向以及光路通過的距離。晶體的圖像可以在數據收集時采集crystal video,也可在Index crystal faces界麵中采集。APEX3 軟件提供了強大,非常容易使用的Face index界麵。一旦晶胞參數確定,取向矩陣也就隨之確定下來,香蕉视频APP免费就可以輕鬆地對晶體表麵進行指標化,描述晶體各個方向的形狀和大小。隨後,香蕉视频APP免费就可以在APEX3軟件中選擇數字吸收校正的方法。

     

     

     

    Suggestion From George Sheldrick

     

    As discussed in the SADABS paper (J. Appl. Cryst. 48(2015) 3-10) this correction assumes that the crystal is bathed in a beam ofuniform intensity, which is rarely true for a modern microsource that has anapproximately Gaussian beam profile. So although the face-indexed correctionwas good for a sealed tube and monochromator, it is now usually no better thanthe empirical correction (and a lot more effort). The best one can do with avery strongly absorbing sample is (a) use a very small crystal, (b) use awavelength for which the absorbtion is smaller (e.g. AgKa) and (c) collect manyequivalent reflections using scans about different axes relative to thecrystal.

     

      - George Sheldrick

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